Proponowane studia podyplomowe dają możliwość rzetelnego zapoznania się z postacią św. Franciszka z Asyżu oraz z duchowością franciszkańską. Program przewiduje studium źródłowej literatury franciszkańskiej, historii ruchu franciszkańskiego, prezentację wybitniejszych jego przedstawicieli. Dla słuchaczy istnieje możliwość odbycia rekolekcji w jednej z pustelni franciszkańskich oraz wzięcia udziału w wyjeździe naukowym do Włoch śladami św. Franciszka organizowanym przez Instytut Studiów Franciszkańskich.
Istotnym elementem studiów są zajęcia wykorzystujące źródłową wiedzę z zakresu franciszkanizmu do jej aktualnych i praktycznych aplikacji, dotyczących tak działań związanych z ochroną stworzenia, dialogiem międzykulturowym, jak i osobistej więzi z Bogiem, relacji międzyludzkich oraz podejścia do pracy i jakiegokolwiek zaangażowania.
Założeniem studiów jest ukazanie franciszkańskich, uniwersalnych wartości, które również w dzisiejszym świecie jawią się jako adekwatna i oryginalna odpowiedź na problemy, z jakimi w codziennych doświadczeniach boryka się człowiek.