Uniwersytet Papieski Jana Pawła II w Krakowie (dawniej Papieska Akademia Teologiczna w Krakowie) przejął tradycje zasłużonego dla kultury narodu i Kościoła w Polsce Wydziału Teologicznego Jagiellońskiej Wszechnicy i kontynuuje to dziedzictwo wieków pod opieką świętego Jana z Kęt, świętej Jadwigi Królowej oraz świętego Józefa Sebastiana Pelczara.

Uniwersytet prowadzi swą działalność naukowo-dydaktyczną na pięciu wydziałach: Filozoficznym, Historii i Dziedzictwa Kulturowego, Nauk Społecznych, Teologicznym i zamiejscowym - Teologicznym Sekcja w Tarnowie, a także w międzywydziałowych instytutach: Bioetyki oraz Ekumenii i Dialogu.
Trzy wydziały uczelni posiadają Certyfikaty Jakości Kształcenia, dla kierunków: filozofia, historia, teologia wydane przez Konferencję Rektorów Uniwersytetów Polskich w uznaniu wysokiej jakości kształcenia. Wydziały Uniwersytetu posiadają prawo nadawania tytułów i stopni naukowych: licencjata, magistra, licencjata kościelnego (stopnia pośredniego między magistrem a doktorem), doktora i doktora habilitowanego.
Uczelnia należy do Międzynarodowej Federacji Uniwersytetów Katolickich (FIUC) i jej sekcji europejskiej (FUCE), Uniwersyteckiej Sieci Europejskich Stolic Kultury ((UNEECC), Konferencji Rektorów Uniwersytetów Polskich (KRUP - regulamin KRUP) oraz Konferencji Rektorów Akademickich Szkół Polskich (KRASP).
Obecnie UPJPII liczy blisko 3500 studentów i 327 pracowników (w tym 221 naukowo-dydaktycznych).

Współpraca zagraniczna:

UNEECC - University Network of the European Capitals of Culture
- Uniwersytecka Sieć Europejskich Stolic Kultury (UNeECC), międzynarodowa organizacja non-profit, założona w Pécs na Węgrzech w grudniu 2006 r.

Uniwersytet w Bochum
- Najżywsze kontakty uczelnia utrzymuje z Uniwersytetem w Bochum zarówno na poziomie wymiany studentów, jak też gościnnych wykładów profesorów. Współpraca ta trwa już dwadzieścia trzy lata. Raz w roku, wiosną, nasza uczelnia gości wykładowców z Niemiec, i wzajemnie, raz w roku, jesienią, nasi wykładowcy występują gościnnie w Bochum. Obecnie delegatami ds. współpracy z Uniwersytetem w Bochum są: ks. dr hab. Stanisław Hałas, prof. UPJPII i ks. dr Jan Dziedzic.

Katolicki Uniwersytet Pázmány Péter w Budapeszcie
- Od pięciu lat uczelnia współpracuje z Katolickim Uniwersytetem Pázmány Péter w Budapeszcie. Obecnie delegatem ds. współpracy z Uniwersytetem Pázmány Péter w Budapeszcie jest ks. prof. dr hab. Józef Krzywda

Uniwersytet w Grazu
- Współpraca z Uniwersytetem w Grazu jest jednostronna. Istnieje możliwość uzyskania stypendium od biskupa Grazu. Wydział Teologiczny Uniwersytetu (Karl-Franzens Universität) w Grazu nadesłał do nas pismo o gotowości przyjęcia na jeden semestr studentów teologii naszej uczelni partnerskiej. Aktualnie delegatem ds. współpracy z Uniwersytetem w Grazu jest ks. dr hab. Jan Daniel Szczurek, prof. UPJPII.

Uniwersytet w Preszowie
- Wydział Filozoficzny oraz Wydział Historii i Dziedzictwa Kulturowego nawiązały w 2005 roku współpracę z Greckokatolickim Wydziałem Teologicznym Uniwersytetu w Preszowie (Słowacja). Delegatem ds. współpracy z Uniwersytetem jest ks. dr hab. Jan Szczepaniak, prof. UPJPII.

Katolicki Uniwersytet w Rużomberoku
- Od niedawna UPJPII utrzymuje współpracę z Uniwersytetem w Rużomberoku na Słowacji. Delegatem ds. współpracy z Uniwersytetem jest ks. dr hab. A. Baczyński, prof. UPJPII