W Bibliotece UPJPII można korzystać z tradycyjnych katalogów kartkowych:
- alfabetycznych (np. autorów, tytułów czasopism lub serii)
- rzeczowych (wg. własnej klasyfikacji zbiorów)
Katalogi kartkowe nie są aktualizowane od 2000 r. Dane o późniejszych nabytkach można znaleźć w katalogu komputerowym.

W komputerowych bazach danych bibliograficznych można wyszukiwać informacje według różnych charakterystyk: formalnych (np. autorów, tytułów czasopism lub serii), treściowych (np. haseł przedmiotowych, słów kluczowych)

Katalog komputerowy w systemie Virtua

Zawiera on opisy książek oraz czasopism polskich i zagranicznych ze zbiorów Biblioteki UPJPII. Katalog zawiera informacje o nabytkach biblioteki od 2000 r.. Dzięki pracom retrokonwersyjnym znajdują się tu także opisy wcześniej wydanych dokumentów.

Natomiast opisy druków ciągłych obejmują już prawie cały zasób tytułów dostępnych w czytelni Biblioteki UPJPII.

Dodatkowe usługi biblioteki
Biblioteka UPJPII udostępnia w czytelniach bazy danych na dyskach optycznych (CD-ROM) z zakresu teologii i historii kościoła.

W czytelniach biblioteki można korzystać na wydzielonych stanowiskach z usług sieci Internet.

Greek-English Lexicon (with a Revised Supplement)
Koło Naukowe Studentów Filozofii UPJPII zachęca do korzystania z leksykonu Greek-English Lexicon. Zakup książki został sfinansowany w 2011 roku w drodze konkursu Rady Kół Naukowych UPJPII w ramach projektu realizowanego przez Sekcję Filozofii Starożytnej: „Wskrzeszamy pierwszych mędrców: Parmenides”. Warunki udostępniania.