Badania naukowe i prace badawczo-rozwojowe prowadzone są w 16 katedrach, 2 pracowniach i 1 zakładzie. Struktura jest następująca:

Instytut Historii

1. Katedra Historii Starożytnej
2. Katedra Historii Średniowiecznej
3. Katedra Historii Nowożytnej
4. Katedra Historii XIX wieku
5. Katedra Historii XX wieku
6. Katedra Historii Zakonów
7. Katedra Doktryn Politycznych i Prawnych
8. Katedra Historii Kultury Europy Środkowo-Wschodniej
9. Katedra Historii Europy Środkowo-Wschodniej w XIX i XX wieku
10. Katedra Nauk Pomocniczych Historii i Archiwistyki
11. Pracownia Badań nad Historią i Kulturą Przestrzeni Totalitarnej i Posttotalitarnej

Instytut opiekuje się studiami na kierunku Historia (specjalności: Historia Kościoła, Archiwistyka, Europa Wschodnia, Doktryny polityczne i prawne, Religie Bliskiego i Środkowego Wschodu).

Instytut Historii Sztuki i Kultury

1. Katedra Historii Sztuki Starożytnej i Średniowiecznej
2. Katedra Historii Sztuki Nowożytnej
3. Katedra Historii Sztuki Nowoczesnej
4. Katedra Dziejów Kultury i Wychowania
5. Pracownia Inwentaryzacji

Instytut opiekuje się studiami na kierunkach: Historia sztuki, Ochrona dóbr kultury (specjalności: Muzealnictwo i wystawiennictwo, Malarstwo monumentalne, Konserwacja tkanin), Historia (specjalności: Sztuka).

Międzyuczelniany Instytut Muzyki Kościelnej

1. Katedra Historii Liturgii
2. Katedra Muzyki Kościelnej
3. Zakład Muzyki Religijnej (Akademii Muzycznej w Krakowie)

Instytut opiekuje się studiami na kierunku Muzyka kościelna.

*****

W dniu 7 maja 2009 roku Konferencja Rektorów Uniwersytetów Polskich na wniosek Uniwersyteckiej Komisji Akredytacyjnej podjęła uchwałę przyznającą kierunkowi historia prowadzonemu przez Wydział Historii i Dziedzictwa Kulturowego UPJPII w Krakowie akredytację na 5 lat i wręczyła certyfikat jakości kształcenia.

Liczbowa charakterystyka Wydziału Historii i Dziedzictwa Kulturowego

Kadra
Profesorowie tytularni: 10
Profesorowie UPJPII: 4
Doktorzy habilitowani: 12
Doktorzy: 36

Studenci (wg danych GUS za rok 2011)
Studia stacjonarne: 549
Studia niestacjonarne: 14
Studia doktoranckie: 52
Studia podyplomowe: 74