Centrum Kopernika Badań Interdyscyplinarnych powstało w 2008 roku w ramach współpracy Uniwersytetu Jagiellońskiego i Papieskiej Akademii Teologicznej. Jego hasłem jest "filozofia w nauce", to znaczy tropienie typowo filozoficznych zagadnień, które w jakiś sposób są uwikłane w nauki.

Międzyuczelniany Instytut Muzyki Kościelnej jest jednostką założoną w porozumieniu między Akademią Muzyczną a Papieską Akademią Teologiczną w 2008 roku. Owocem współpracy jest Kierunek Muzyka Kościelna, który jest jedyną taką formą kształcącą muzyków kościelnych na poziomie magisterskim.