Studia podstawowe:

I. Kierunek Historia:
1. Specjalność Historia Kościoła - studia dwustopniowe (I-III rok), jednolite studia magisterskie (IV-V rok), stacjonarne
Kierownik - ks. dr Mariusz TRĄBA
2. Specjalność Archiwistyka - studia dwustopniowe, stacjonarne
Kierownik - ks. dr hab. Józef MARECKI, prof. UPJPII
3. Specjalność Europa Wschodnia - studia dwustopniowe, stacjonarne
Kierownik - prof. dr hab. Maciej SALAMON
4. Specjalność Doktryny polityczne i prawne - studia dwustopniowe, stacjonarne
Kierownik - ks. dr hab. Jan SZCZEPANIAK, prof. UPJPII
5. Specjalność Muzyka - studia dwustopniowe, stacjonarne (IIILIC)
Kierownik - ks. prof. dr hab. Andrzej ZAJĄC
6. Specjalność Sztuka - studia dwustopniowe, stacjonarne (IIILIC-IISUM)
7. Specjalność Religie Bliskiego i Środkowego Wschodu - studia licencjackie, stacjonarne

II. Kierunek Historia sztuki - studia dwustopniowe, stacjonarne i niestacjonarne
III. Kierunek Muzyka kościelna - studia dwustopniowe, stacjonarne (I-IILIC, I-IISUM)
IV. Kierunek Ochrona dóbr kultury - studia pierwszego stopnia, stacjonarne (I-IILIC)

Przy wydziale funkcjonują:
1. Studium Pedagogiczne
Kierownik - s. dr Elżbieta Elena WRÓBEL CSFN
2. Studium Archiwistyczno-Bibliotekoznawcze
Kierownik - ks. dr hab. Józef MARECKI, prof. UPJPII

Studia doktoranckie z Historii
Kierownik - ks. prof. dr hab. Krzysztof KOŚCIELNIAK

Studia podyplomowe:
1. Podyplomowe Studia z Archiwistyki i Bibliotekoznawstwa
Kierownik - ks. dr hab. Józef MARECKI, prof. UPJPII
2. Podyplomowe Studia z Historii i WOS
Kierownik - dr Grzegorz CHAJKO
3. Podyplomowe Studia Konserwacji, Kształtowania Architektury i Aranżacji Wnętrz Obiektów Sakralnych (wraz z Politechniką Krakowską)
Kierownik (PK) - prof. dr hab. inż. arch. Andrzej KADŁUCZKA
Kierownik (UPJPII) - ks. dr Józef Andrzej NOWOBILSKI