Pierwszy komputer osobisty typu IBM PC / XT z drukarką biblioteka otrzymała w roku 1989, co można uznać za początek prac nad jej komputeryzacją. Najpierw utworzono w programie MicroISIS bazę opisów posiadanych czasopism. Dane o czasopismach zagranicznych w niej zawarte były przekazywane do bazy KCCZ (czyli bazy danych o czasopismach zagranicznych posiadanych przez naukowe biblioteki krakowskie) oraz bazy ARKA (czyli ogólnopolskiej bazy danych prowadzonej przez Bibliotekę Narodową w Warszawie). Nadmieńmy, że już w 1988 r. została utworzona eksperymentalna baza PATC zawierająca opisy 550 tytułów czasopism zagranicznych z siedmiu krakowskich bibliotek kościelnych. W 1990 r. zaczęto tworzyć bazę gromadzenia dla nowo nabywanych przez Bibliotekę PAT(dziś UPJPII) książek.

Komputeryzacja w Bibliotece UPJPII obejmuje:

- prowadzenie bazy opisów czasopism - KCCZ - ponad 3200 tytułów (w systemie MicroISIS, od roku 2001 całkowite przejście na system VTLS);
- prowadzenie bazy gromadzenia druków zwartych - GROM, ponad 24000 opisów w programie MAK (początkowo w programie ISIS);
- prowadzenie bazy opracowania książek w systemie VTLS - 17000 opisów bibliograficznych;
- prowadzenie bazy danych o dokumentach audiowizualnych - ponad 700 opisów w programie MAK;
- tworzenie bazy danych o czytelnikach biblioteki w programie MAK;
- utworzenie w 1992 r. bazy danych o dokumentach o świętych i błogosławionych z XIX i XX w. - 530 opisów w programie MicroISIS;
- utworzenie baz danych o darach książek (kilka baz dotyczących różnych darów - kilkadziesiąt tysięcy opisów w programie MAK);
- utworzenie baz danych o zawartości wybranych czasopism, m.in. Analecta Cracoviensia, Ruch Biblijny i Liturgiczny, Notificationes (kilkanaście tysięcy opisów artykułów w programie MAK);
- prowadzenie bazy instytucji współpracujących z biblioteką oraz wymiany (w programie MS Access).

Komputery wykorzystywane są także w bieżących pracach biurowych, pracach wydawniczych, a także wymiany informacji przez e-mail. Praktycznie wszyscy bibliotekarze posiadają konta poczty elektronicznej i bardzo aktywnie z niej korzystają.

Od 1993 r. Biblioteka uczestniczy w pracach Krakowskiego Zespołu Bibliotecznego, grupującego biblioteki naukowe wdrażające sieć komputerową w oparciu o amerykański system VTLS.

Od początku lat dziewięćdziesiątych dążono do przyłączenia biblioteki do miejskiej sieci komputerowej i sieci Internet. Już w 1994 r. w bibliotece utworzono wewnętrzną sieć komputerową w standardzie BNC w budynku przy ul. Podzamcze 8 obejmującą 6 komputerów w 3 pomieszczeniach. W roku następnym do pomieszczeń biblioteki przy ul. Franciszkańskiej 1 doprowadzono światłowód oraz założono wewnętrzną sieć na 17 stanowisk. Pozwoliło to na szybką transmisję danych i korzystanie z zasobów sieci Internet. W czerwcu 1997 r. połączenie światłowodowe uzyskał budynek przy ul. Podzamcze 8 oraz Biblioteka Instytutu Liturgicznego PAT (dziś UPJPII) przy ul. Św. Marka 10. Rozbudowana równocześnie sieć wewnętrzna liczyła 18 stanowisk we wszystkich pomieszczeniach bibliotecznych. Na zakupionym wówczas serwerze uruchomiono strony WWW uczelni i biblioteki. Obecnie biblioteka posiada 30 komputerów.