W skład Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II wchodzi pięć wydziałów: najstarszy i z największymi tradycjami - Wydział Teologiczny, a także Filozoficzny, Historii i Dziedzictwa Kulturowego (dawniej Historii Kościoła), Nauk Społecznych oraz zamiejscowy Wydział Teologiczny Sekcja w Tarnowie.